養源院（ようげんいん）は、京都市東山区にある浄土真宗遣迎院派の寺院。蓮華王院（三十三間堂）の東向かいに位置する。

文禄3年（1594年）に豊臣秀吉の側室・淀殿が父・浅井長政の供養のために秀吉に願って成伯法印（長政の従弟で比叡山の僧）を開山として創建した。

養源院の寺名は浅井長政の院号から採られた。

本堂は、元和5年（1619年）に破却された秀吉の伏見城の殿舎を移築したものとされる。左右と正面の廊下の天井は血天井として知られる。

関ヶ原の戦いの前哨戦ともいわれる伏見城攻防戦で鳥居元忠以下1000人余りが城を死守し,最後に自刃した廊下の板の間を供養のために天井としたもので、武将達の遺体は残暑の残る8月から9月中旬まで放置されていたと言われ、そのため今も生々しい血の痕があちこちに残る。同じ血天井は宝泉院・正伝寺・源光庵にもあるが、生々しさでは養源院が一番といわれる。崇源院の秀吉への憎しみを表しているといわれる。