森三吉神社は北海道茅部郡森町御幸町の神社。

明治20年（1887年）創建。8尺8寸の石碑を依代として町民有志に祭祀されてきた。三吉信仰を基盤として、大正13年、秋田県秋田市に鎮座する大平山三吉神社総本宮の直轄社として歓請された。

昭和56年、総本宮の旧社殿解体材を拝領したのを機に現在の社殿に改築され、平成19年度に創祀120周年を迎える。