妙本寺（みょうほんじ）は、神奈川県鎌倉市大町にある、日蓮宗の本山（霊跡寺院）。山号は長興山。

妙本寺のある谷戸は、現在は比企谷（ひきがやつ）と呼ばれ、鎌倉時代には比企能員一族の屋敷があった。

比企能員は、源頼朝に仕えた御家人で、頼朝の乳母・比企尼の養子にあたり、妻は源頼家の乳母、娘の若狭局は頼家の妻となり頼家の子・一幡を生むなど、源氏とは深い関係を持った。このため、頼朝の妻・北条政子の実家である北条氏とは対立するようになった。1203年（建仁3年）に頼家が病気で倒れると、次の将軍を誰にするかで、千幡（後の源実朝）を推す北条氏と、若狭局が生んだ一幡を推す比企氏の間で争いが起きた。能員は頼家と北条氏討伐を謀るが察知され、名越で殺害され、比企一族は比企谷の谷戸（小御所）に篭って北条氏らの軍勢と戦うが敗れ、屋敷に火を放って自害した（比企能員の変）。若狭局は、池（蛇苦止の池）に身を投げて自害し、一幡も戦火の中で死んだ。

能員の末子・能本は生き残り、後に京都へ行き、順徳天皇に仕え、承久の乱で順徳天皇が配流になると、佐渡まで供をした。彼の姪にあたる竹御所（源頼家の娘）が4代将軍九条頼経の妻になったことから許されて鎌倉に帰った。1234年（文暦元年）に竹の御所は出産時に死去、遺言として自仏像であった釈迦立像を祀る釈迦堂を建立し、その下に竹の御所は葬られた。能本は儒学者として、幕府につかえ、鎌倉で布教していた日蓮に帰依していたため、邸宅を献呈し堂宇とし、妙本寺とした。以後日蓮宗の重要な拠点となった。