船魂神社は、北海道函館市の神社。津軽海峡の海上安全を願って祀られた神社で、北海道では最古の神社である。

社記によると、崇徳天皇の時代、保延元年（1135年）融通念仏宗開祖、良忍上人という高僧がこの地に着き、この処は、神霊の宿るところと里人に言い伝えたとされている。