三柱神社（みはしらじんじゃ）は長野県安曇野市の神社。

松本市を舞台に地域医療にかける青年医師を描いた映画「神様のカルテ」のロケが行われた神社として知られるようになった。青年内科医・栗原一止（桜井翔）と、妻で山岳写真家の榛名（宮崎あおい）が、社殿の前で手を合わせるシーンの撮影に使われた。

九月中旬に例祭がある。