興福寺（こうふくじ）は、長崎市寺町にある、日本最古の黄檗宗の寺院である。山号は東明山。山門が朱塗りであるため、あか寺とも呼ばれる。

1624年（寛永元年）に中国僧の真円により創建された。崇福寺・福済寺とともに長崎三福寺の一つに数えられる。

当時、日本に来る中国人の中にはキリスト教徒がいたため、長崎奉行は唐人の宗教についても調査していた。そこで在留唐人等は、自ら進んでその証明を行い、かつ、海上の安全祈願と故人の冥福を祈るため寺を建てたという。浙江省・江蘇省出身の信徒が多いため、南京寺とも称せられた。

黄檗宗の開祖隠元隆琦ゆかりの寺院で、本堂にあたる大雄宝殿は国の重要文化財に指定されている。

第2代住職の黙子如定は眼鏡橋を架設したことで有名で、第3代の逸然は長崎漢画の祖として知られる。

また、日本三聖堂の一つといわれた中島聖堂遺構大学門（長崎聖堂）があり、学問のパワースポットだという。

儒者・向井元升（げんしょう）が正保4年（1647）に東上町（現在の上町と玉園町）に立山書院として建てた孔子廟と学舎に始まる。長崎聖堂というが、一般には中島聖堂と呼ばれた。明治初年廃滅し、杏檀門（きょうだんもん）と規模縮少した大成殿（たいせいでん）を残すのみとなったので、ともに昭和34年（1959）保存のため現在地に移した。門扉に大学の章句を刻むので、大学門とも呼ばれる。