善能寺（ぜんのうじ）は静岡県藤枝市の曹洞宗寺院。山号は新舟山（にゅうぶねざん）。天正18（1590）年に総善寺三世積翁長善大和尚によって開かれた。本尊は庚申菩薩、梵天、帝釈天、金剛童子。

境内にある薬師堂の本尊は薬師如来で、眼病平癒に御利益があるという。

薬師堂には、眼の通りが良くなるように祈願して奉納された穴あき石が吊るされている。