小菅神社（こすげじんじゃ）は長野県飯山市にある神社。戸隠・飯綱とともに信州三大修験霊場の一つ。

諸伝承によれば、役小角が開山した修験寺院・小菅山元隆寺（こすげざん がんりゅうじ）が小菅神社の起源である。

小菅山は、自然信仰の時代には水分神が祀られ、後に熊野修験の手によって霊場として確立された。そのため、熊野社が各所に見られる。来由記などに記されたところによれば、神社結界地となっていたのは、大倉崎口（現在の飯山市大字常盤）、関沢口、前坂口、神戸口の4箇所で、それぞれ鳥居が設けられており、神域への入口となっていた。この結界内部には、小菅神社に由縁ある社寺・史跡・民俗が今日に伝えられている。

本殿である小菅神社奥社は、大聖院跡地護摩堂から続く参道をぬけ、溶岩性の岩石が露出する急峻な登山道を進んだ、標高900m付近にある。

奥社参道沿いには磐座群が見られ。上杉謙信が武田軍の追手から身を隠したという隠れ石、弘法大師が参拝の折りに休憩をとり、錫杖の跡をのこしたとされる御座石など、多くの名石がある。

その他、追分石像群、長野県内でもっとも幹が太いという神戸の大銀杏（ごうどのおおいちょう）などがある。