日御碕神社（ひのみさきじんじゃ）は島根県出雲市の日御碕に鎮座する神社。

通称、みさきさん。出雲大社の「祖神さま（おやがみさま）」として崇敬を集める。

下の本社（日沈の宮・日沉の宮、ひしずみのみや）村上天皇天暦2年勅命により祀り、上の本社（神の宮）安寧天皇13年勅命により祀られ、総称して日御碕大神宮とされた。出雲國神仏霊場20番。

「日沈の宮」の名前の由来は、創建の由緒が、伊勢神宮が「日の本の昼を守る」のに対し、日御碕神社は「日の本の夜を守れ」 との「勅命」を受けた神社、である事による。

日御碕神社の社殿も、出雲大社と経島を結ぶ夏至日没線上にある関係となっている。権現造の社殿は、徳川家光の命で建てられたもの。

神社周辺には、ウミネコの繁殖地の経島（ふみしま）や世界灯台100選や日本の灯台50選に選ばれている日御碕燈台もある。