菅谷寺（かんこくじ）は新潟県新発田市菅谷にある真言宗醍醐派の寺院である。

日本三大不動尊の一つとも言われている。山号は諸法山。菅谷不動尊（すがたにふどうそん）の通称で知られる。

眼疾に霊験があるとして各地から参詣者が訪れる。